SK 측은 의혹의 가장 큰 줄기인 특별사면과 관련해 "김창근 전 의장이 1차 독대 때 총수 부재 장기화로 대규모 투자 결정이 지연되는 등 경영 공백을 하소연한 것으로 안다"며 "그룹 2인자로서 총수 부재에 따른 고충을 호소하고 도움을 청하는 것은 지극히 당연하며 부정 청탁이 아니다"라고 설명했다.

또한 SK 측은 면세점 사업 특혜 의혹에 대해서도 "면세점 사업 로비용으로 출연금을 냈다면 워커힐이 면세점 심사에서 3번 연속 떨어졌겠느냐"고 반문하면서 "만약 2차 독대에서 면세점 관련 청탁이 있었다면 그 후 K스포츠재단 추가 지원 요청을 거절하지 못했을 것"이라며 일각의 주장에 대해 강하게 부인했다.