농업법인 세제혜택 ‘상시화’…면세유·영세 음식점 세제지원도 연장

정부가 농업과 외식업의 세 부담을 낮추고 경영 불확실성을 완화하는 세제 지원책을 잇달아 내놓으면서 고물가·고비용에 직면한 농업인과 영세 외식업자의 경영 안정에 도움이 될지 주목된다.

농림축산식품부는 지난 3일 재정경제부가 발표한 ‘2026년 세제개편안’에 담긴 농업법인 과세특례 상시화, 농업용 면세유 일몰 연장, 음식점업 의제매입세액공제 우대 공제율 적용기한 연장 등이 실시될 예정이라고 밝혔다.

이에 따라 올해 말 종료 예정이었던 농업법인 관련 과세특례와 농업용 석유류 간접세 면제 특례의 적용 기한이 각각 상시화 및 3년 연장된다. 음식점업에 대해서도 식재료 구입에 따른 부가가치세 부담을 낮춰주는 의제매입세액공제 우대 조치가 연장된다.

우선 가장 큰 변화는 올해 말 종료 예정이던 농업법인에 대한 법인세 감면과 농업법인 출자자 및 조합원의 배당소득에 대한 소득세 감면이 상시 과세특례로 전환된다.

배당소득세 감면은 식량작물재배업의 경우 전액 면제하고, 식량작물 이외 작물은 일정 한도 내에서 면제하는 기존 제도가 유지된다.

그동안 농업법인에 대한 세제지원은 일정 기간이 지나면 일몰 연장 여부를 다시 결정해야 했지만, 이번 개편으로 지원의 지속 가능성이 높아졌다. 농업법인 입장에서는 세제지원 여부에 대한 불확실성을 줄이고 시설투자와 인력 채용, 규모화 등 중장기 경영계획을 세우기가 한층 수월해질 전망이다.

특히 청년층의 농업 진입과 농업법인의 일자리 창출을 유도할 수 있는 기반이 마련됐다는 게 농식품부의 설명이다.

농업법인에 농지 등을 출자하는 농업인에 대한 양도소득세 이월과세도 상시 과세특례로 전환된다. 양도소득세 이월과세는 농업인이 농업법인에 농지 등을 현물 출자할 때 발생하는 양도소득세를 즉시 납부하는 대신, 법인이 해당 현물을 추후 양도할 때 법인세로 납부할 수 있도록 하는 제도다.

이는 정부가 추진 중인 공동영농 확대와도 맞물린다. 공동영농은 농업법인이 지역 고령농 등의 농지를 임대하거나 출자받아 기계화가 가능한 수준으로 농지를 규모화해 경영하는 방식으로, 고령화와 농촌 인력 부족이 심화되는 가운데 농지를 농업법인으로 모으고 기계화·규모화를 통해 생산성을 높이는 구조개선에 세제상 걸림돌을 낮추겠다는 취지다.

특히 농업인이 농지를 법인에 출자할 때 발생하는 세금 부담을 일몰 기한에 관계없이 이연할 수 있게 되면서 농지의 법인 출자와 공동영농 참여를 촉진하는 효과가 기대된다.

농업용 석유류에 대한 간접세 면제 특례도 2029년 12월 31일까지 3년 연장된다. 올해 말 종료 예정이었던 농업용 면세유 제도가 연장되면서 농기계와 농업시설 등에 석유류를 사용하는 농가의 생산비 부담을 덜어줄 것으로 예상된다.

면세 대상에는 부가가치세를 비롯해 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세, 자동차세 등이 포함된다.

최근 중동 정세 불안 등으로 국제유가 변동성이 확대된 상황에서는 면세유 연장이 농가의 경영비 충격을 완화하는 역할을 할 수 있다.

농업은 경운·파종·수확 등 주요 작업에 농기계 사용이 필수적이어서 유가 상승이 곧바로 생산비 증가로 연결되는 구조다. 면세유 제도를 통한 세 부담 경감은 농산물 생산비 상승을 억제하는 효과와 함께 농가 소득 방어에도 일정 부분 기여할 것으로 전망된다.

외식업계에 대한 세제지원도 연장된다. 연 매출액 4억 원 이하 개인 음식점업에 적용되는 부가가치세 의제매입세액공제 우대 공제율 109분의 9가 2028년 12월 31일까지 2년 연장된다. 당초 우대 공제율 적용 기한은 올해 말까지였다.

의제매입세액공제는 면세 농산물 등을 원재료로 사용해 부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 공급하는 사업자에게 실제 매입세액이 없더라도 일정 금액을 매입세액이 있는 것으로 의제해 공제해주는 제도다.

음식점의 경우 농·축·수산물 등 면세 농산물을 주요 원재료로 사용하는 만큼 이 제도가 실제 부가가치세 부담에 상당한 영향을 미친다. 특히 연 매출 4억원 이하 영세 음식점 개인사업자에게는 현행 일반 공제율 보다 높은  우대 공제율이 적용된다.

이번 연장으로 음식점업 의제매입세액공제는 대상별로 일반적인 음식점업 개인사업자에게 적용되는 공제율은 108분의 8이며, 과세유흥장소를 운영하는 사업자는 102분의 2, 연 매출 4억원 이하 개인 음식점업자는 109분의 9, 연 매출 4억원을 초과하는 개인 음식점업자는 108분의 8, 이 밖의 사업자는 106분의 6을 적용받는다.

제조업의 경우 과자점업·도정업·제분업 및 떡류 제조업 중 떡방앗간 개인사업자는 106분의 6, 그 밖의 중소기업 및 개인사업자는 104분의 4, 기타 사업자는 102분의 2가 적용된다.

외식업계에서는 원재료 가격뿐 아니라 인건비와 공공요금, 임차료 등 각종 비용 상승이 이어지고 있어 이번 조치가 영세 음식점의 세 부담을 줄이는 데 도움이 될 것으로 기대하고 있다.

이 같은 ‘2026년 세제개편안’은 4일부터 20일까지 입법예고를 거쳐 9월 중 국회에 제출될 예정이다. 이후 국회 심의를 거쳐 12월 본회의 의결로 최종 확정된다.

농업법인 과세특례의 상시화와 농업용 면세유 연장, 음식점업 의제매입세액공제 우대율 연장이 원안대로 확정될 경우 농업·외식업계에서는 일몰 연장에 따른 단기적인 불확실성을 넘어 중장기적인 경영 안정성을 확보할 수 있는 세제 기반이 마련될 것으로 전망된다.